Pedagoško odeljenje organizuje i radi na realizaciji oblika i vidova saradnje sa vaspitno-obrazovnim ustanovama na nastavnom planu i u vannastavnim aktivnostima sa ciljem da muzejski sadržaji budu sastavni deo ukupnih vaspitno-obrazovnih uticaja. Permanentno organizovanje kreativnih radionica, kao prateća manifestacija postojećih izložbi (stalnih i tematskih), predstavlja vid komunikacije s najvernijom publikom - decom osnovnoškolskog uzrasta. Deca na ovaj način stiču, pre svega znanje, mogućnost realnije vizuelizacije i pozitivnije percepcije muzeja kao ustanove kulture, koja je od velikog značaja za njihov intelektualni razvoj. Mogućnost učešća imaju sva deca uz prethodnu najavu. Izložbe dečijih radova su produkt kreativnih radionica, i organizuju se nakon određenog perioda rada s decom.
U sklopu pedagoškog odeljenja je i vodička služba. Zaposleni vodiči daju objašnjenja i informacije zainteresovanim posetiocima na srpskom i jednom od svetskih jezika.